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사모투자전문회사(PEF)와 동업기업과세제도

2009.05.14

1. PEF 관련 과세제도의 변경 
 
2008년까지 「간접투자자산 운용업법」에 따른 사모투자전문회사(이하 'PEF')가 배당가능이익의 90% 이상을 배당할 경우 그 금액을 소득금액에서 공제할 수 있었습니다(2008년 12월 26일 개정전 법인세법 제51조의 2 제1항 제2호, 이하 “소득공제 규정”). 또한, 배당가능이익을 초과하여 배당결의를 하는 경우에도 위 법인세법상 소득공제 규정을 적용 받을 수 있었습니다(서면2팀-60, 2007. 01. 09.). 이로 인해, PEF가 세무상 과세표준에 상당하는 금액을 모두 배당으로 결의할 경우 법인세 과세표준 금액이 발생하지 않아 법인세를 부담하지 않을 수 있었습니다. 
 
그런데 2008년 12월 26일 법인세법 개정시 PEF는 위 소득공제 규정을 적용 받을 수 있는 대상회사에서 제외되었습니다(현행 법인세법 제51조의2 제1항 제2호). 그 대신 PEF는 2009년부터 동업기업 과세특례제도를 적용 받을 수 있게 되었습니다(조세특례제한법 제100조의15 제1항 제3호). 
 
이와 같이 2009년 이후 PEF에게 적용되는 과세제도가 상당히 변경되었는바 아래에서는 이에 대하여 간략히 살펴보겠습니다. 
 
2. 2009년 이후 적용되는 PEF의 과세제도 
 
가. 2009년 1월 1일 이전에 등록한 PEF의 경우 
 
2009년 1월 1일 이전에 「간접투자자산 운용업법」제144조의6에 따라 금융위원회에 등록한 PEF의 경우 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일부터 1개월 이내에 조세특례제한법 제100조의 17에 따라 동업기업 과세특례(이하 “동업기업 과세특례”)의 적용을 신청하지 아니한 경우 법인세법 제51조의2 제1항 제2호의 개정규정에도 불구하고 해당 법인의 해산등기일이 속하는 사업연도까지 종전의 규정을 적용하며, 이 경우 해당 법인은 그 해산등기일이 속하는 사업연도까지 동업기업 과세특례를 적용 받을 수 없습니다{법인세법 부칙(2008. 12. 26.) 제20조 제1항}. 
 
즉, 2009년 1월 1일 이전에 등록한 PEF의 경우 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일부터 1개월 이내에 동업기업 과세특례의 적용을 선택하였다면 선택한 사업연도부터는 동업기업 과세특례를 적용 받을 수 있으나, 이를 선택하지 않았을 경우 해산시까지 동업기업 과세특례를 적용 받을 수 없습니다. 그 대신 법인세법의 개정에 불구하고 기존의 법인세법에 따라 배당가능이익의 90%이상을 배당할 경우 그 금액만큼 소득공제를 적용 받을 수 있습니다. 
 
나. 2009년 1월 1일 이후에 등록한 PEF의 경우 
 
2009년 1월 1일 이후 등록한 PEF가 동업기업 과세특례를 선택 받고자 할 경우 그 특례를 적용 받고자 하는 과세연도의 개시일 이전(설립일부터 적용 받고자 하는 경우 설립일이 속하는 과세연도의 개시일부터 1개월 이내)에 동업기업과세특례 적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다(조세특례제한법 제100조의16 제1항). 
 
즉, 2009년 1월 1일 이후 등록한 PEF의 경우 동업기업 과세특례를 신청할 경우 동업기업과세특례를 적용 받을 수 있으나, 신청하지 않을 경우 일반 내국법인과 동일하게 법인세 납세의무를 부담해야 합니다. 이 경우 PEF가 소득공제 규정을 적용받지 못해 PEF단계 및 투자자 단계에서 이중과세 문제가 발생될 수 있으나, PEF가 일반적인 내국법인과 동일하게 취급되므로 그 투자자인 GP와 LP는 소득세법상 Gross-up제도 및 법인세법상 수입배당금 익금불산입 제도를 통해 이중과세 문제를 해결할 수 있습니다. 그러나 현행 세법 규정상 이러한 제도를 통하더라도 완전한 이중과세 조정은 이루어지지 않습니다. 
 
한편, 일반 내국법인과 같이 법인세 납세의무를 부담하다가 동업기업 과세특례를 적용 받고자 하는 과세연도의 개시일 이전에 동업기업 과세특례를 신청할 경우 동업기업 과세특례의 적용을 받을 수 있습니다. 
 
3. PEF와 동업기업 과세특례 
 
PEF가 동업기업 과세특례를 선택할 경우 PEF(동업기업)는 법인세 납세의무가 없으며, 그 투자자(동업자)인 GP와 LP만이 납세의무를 부담합니다(조세특례제한법 제100조의 16 제1항 및 제2항). GP와 LP의 납세의무는 원래부터 존재하였으므로 동업기업 과세특례의 선택으로 인해 PEF의 납세의무만이 없어지게 되는 것입니다. 물론 기존에도 PEF가 배당가능이익의 100%를 배당할 경우 그 금액만큼 소득공제가 되어 실질적으로 법인세를 납부하지 않을 수도 있었으나, 그렇다 하더라도 법인세의 신고의무는 이행해야 했던 반면, 동업기업 과세특례제도 하에서는 동업기업(PEF)은 법인세 납세의무가 없으므로 이러한 신고의무도 부담하지 않는다는 점에서 차이가 있습니다. 
 
PEF의 투자자(동업자)들은 비록 법적인 측면에서는 PEF로부터 배당을 받아 소득을 얻게 되겠지만, 세법상으로는 동업자(GP 및 LP)들이 배당을 실제로 수령하였는지에 관계없이 동업기업(PEF)의 과세연도 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준 계산시 PEF가 얻은 소득 중 투자자들에게 귀속될 금액만큼 투자자들이 실제로 배당받은 것처럼 간주하여 과세하게 됩니다. 즉, PEF가 양도소득 또는 배당소득 등의 소득이 발생한 경우 그 소득을 투자자들에게 실제로 배당하였는지에 관계없이 PEF의 사업연도 종료일 현재 GP와 LP는 이를 자신의 소득으로 귀속시켜 과세하게 됩니다(조세특례제한법 제100조의16 제3항). 이 경우 소득의 원천을 판단함에 있어 GP는 PEF의 소득의 원천을 쫓아가게 되지만, LP는 PEF의 소득의 원천에 관계없이 배당소득으로만 보게 됩니다(조세특례제한법 제100조의18 제1항, 제100조의16 제3항 단서). 즉, GP의 경우 PEF의 원천인 양도소득 또는 배당소득을 자신이 직접 수령한 것으로 보아 세법을 적용하게 되나, 수동적 동업자인 LP의 경우 PEF의 소득의 원천에 관계없이 PEF로부터 배당을 받은 것으로 보아 과세하게 됩니다. 한편, GP 및 LP가 이미 배당받은 것으로 간주되어 소득세 또는 법인세를 과세당한 금액을 재원으로 PEF가 배당할 경우 그 배당금액에 대해서 GP 및 LP에게 추가적으로 과세가 이루어지지는 않습니다. 
 
4. 결론 
 
위에서 살펴본 것과 같이 2009년 이후에는 PEF의 과세제도가 많이 변경되었으므로 PEF의 설립 및 운용에 있어 이러한 과세제도의 변경으로 인한 효과를 면밀이 검토하여 조세상 불이익을 받지 않도록 유의해야 할 것입니다.

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