기획재정부는 2018. 2. 21. 장애인고용촉진 및 직원재활법 제33조 제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 구 법인세법 제21조 제5호에 따른 공과금(법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금)에 해당되는 것으로서 손금에 산입되지 않는다는 유권해석을 하였습니다. 이로 인해 2019년 이후 지출한 장애인고용부담금에 대해 과세관청은 손금으로 인정하지 않고 있습니다.

반면, 서울고등법원은 2023. 12. 5. 장애인고용부담금이 ‘법령에 따른 의무의 불이행’에 대하여 부과된 것이라는 점은 인정되지만, 고용의무 불이행에 대한 형사처벌 규정이 없는 점, 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 부담금’의 성격이 강한 점 등에 비추어 보면 법령에 따른 의무 불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’ 요건은 충족되지 않는다고 보아 고용부담금은 손금불산입 대상이 아니라고 판단하였고(2023누45325 판결), 현재 대법원에서 상고심 진행중에 있습니다.

대법원에서 장애인고용부담금의 손금산입이 인정된다면, 장애인고용부담금을 손금에 산입하지 않음으로써 과다납부한 해당 법인세를 돌려받을 수 있을 것으로 보입니다. 다만, 법인세 경정청구는 해당 과세기간의 법정신고기한인 다음연도 3월 31일(12월 결산법인 기준)로부터 5년 이내에만 청구할 수 있습니다. 따라서 대법원 판단이 나오기 전이라도 경정청구 기간 도과가 우려되는 2019년분 법인세에 대해서는 미리 경정청구를 해야 할 것으로 보입니다.