법무법인[유] 지평 || [헌법 · 행정 · 규제대응] 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호에 따라 거주기간의 제한을 받지 아니하고 양도소득이 비과세되는 1세대 1주택의 범위 등(소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호 등 관련)

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[헌법 · 행정 · 규제대응] 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호에 따라 거주기간의 제한을 받지 아니하고 양도소득이 비과세되는 1세대 1주택의 범위 등(소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호 등 관련)

2024.09.26

<div style="text-align: justify;">1. 관련 법령 
 
「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목에서는 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 “대통령령으로 정하는 요건”을 충족하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억 원을 초과하는 고가주택은 제외합니다)과 주택부수토지1)의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ‘양도소득세’)를 과세하지 아니한다고 규정하고 있습니다. 
 
「소득세법」시행령 제154조 제1항 각 호 외의 부분에서는 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년2) 이상인 것[취득 당시에 조정대상지역3)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년4)이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말하며(본문), 다만 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 같은 항 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다고 규정하고 있고(단서), 같은 항 제5호에서는 거주자5)가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 “매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실”이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우를 규정하고 있습니다. 
 
<div style="background: rgb(238, 238, 238); border: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding: 25px; text-align: justify;">소득세법 
제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 
1. ~ 2. (생 략) 
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 
가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 
나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 
5. (생 략) 
② · ③ (생 략) </div>

<div style="background: rgb(238, 238, 238); border: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding: 25px; text-align: justify;">소득세법 시행령 
제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조제1항제3호가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 
1. ～ 4. (생 략) 
5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우 
② ～ ⑫ (생 략) 
 </div>
 
 
2. 사안과 쟁점 
 
이 사안에서는, 거주자가 「주택법」에 따른 지역주택조합6)의 조합원으로서 지역주택조합 사업을 통해 취득한 조정대상지역에 있는 주택7)에 대한 양도소득세 비과세 요건과 관련하여, 아래와 같은 사항이 문제되었습니다. 
 
질의 1: 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 ‘「주택법」 제2조 제11호 가목에 따른 지역주택조합 가입에 관한 계약8)(이하 ‘조합원 가입계약’)을 체결한 사실’이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 조합원 가입계약 체결일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우, 「소득세법」시행령 제154조 제1항 제5호가 적용되어 거주기간의 제한을 받지 않는지. 
 
질의 2: 거주자가 가입한 지역주택조합이 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 ‘「주택법」 제15조 제1항에 따른 사업계획승인(이하 ‘사업계획승인’)을 받은 사실’이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 사업계획승인일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우, 「소득세법」시행령 제154조 제1항 제5호가 적용되어 거주기간의 제한을 받지 않는지. 
 
 
3. 유권해석 결과와 판단이유 
 
결론적으로, 법제처는 질의사항 모두에 대해 「소득세법」시행령 제154조 제1항 제5호가 적용되지 아니하여 거주기간의 제한을 받는다고 판단하였습니다(법제처 2024. 8. 6. 회신 24-0588).  법제처의 판단이유를 살펴보면 다음과 같습니다. 
 
가. 각 질의에 대한 공통사항 
 
조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 그 부과요건 또는 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다고 할 것입니다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결례, 법제처 2013. 4. 26. 회신 13-0101 해석례 등 참조). 
 
「소득세법」 제94조 제1항에서는 건물의 양도로 발생하는 소득(제1호) 등을 과세대상이 되는 양도소득으로 규정하고 있는데, 같은 법 제89조 제1항 제3호에서는 같은 호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택9)의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하면서, 같은 호 가목에서는 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택을 규정하고 있고, 그 위임에 따라 마련된 같은 법 시행령 제154조 제1항 본문에서는 같은 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 대통령령으로 정하는 요건이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 취득 당시에 조정대상지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말하나, 같은 영 제154조 제1항 단서 및 제5호에서는 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 “매매계약을 체결하고 계약금을 지급”한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다고 규정하고 있습니다. 
 
이와 같은 소득세법령의 문언과 규정체계에 비추어 볼 때, 주택의 양도로 소득이 발생하였다면 원칙적으로 그 소득에 대하여 양도소득세가 과세되나, 취득 당시 조정대상지역에 있는 주택의 경우 예외적으로 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제154조 제1항 본문에 따라 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 경우 양도소득세가 과세되지 아니하고, 같은 항 단서 및 제5호에 따라 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 ‘매매계약을 체결하고 계약금을 지급’한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니한다면 위 거주기간의 제한을 받지 않게 되는바, 「소득세법」시행령 제154조 제1항 제5호는 양도소득세 비과세 요건을 완화하는 특례적 성격의 예외규정으로 법문대로 해석해야할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것이므로(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결례, 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결례 등 참조), 그 문언에 따라 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 ‘매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우’에 예외적으로 비과세 요건인 거주기간이 배제된다 할 것이고, 합리적 이유 없이 법령에서 규정하고 있지 아니한 다른 사유를 들어 거주기간 요건이 배제된다고 해석할 수는 없다 할 것입니다. 
 
나. 질의 1에 대해 
 
그런데 「주택법」에 따른 지역주택조합제도는 소형주택 소유자 및 무주택 서민의 내집 마련의 기회를 확대하고 공동주택공급 촉진을 위해 일정한 자격을 가진 사람들이 청약저축과 관계없이 일정한 지역을 단위로 설립해서 주택을 공급할 수 있도록 하는 제도로서, 일반적으로 지역주택조합사업은 조합설립 준비단계에서부터 사업부지의 확보, 조합의 설립과 사업계획승인, 아파트 등 주택의 건축에 이르기까지 일련의 절차를 진행하여 시행되고(대법원 2022. 7. 14. 선고 2021다281999, 282008 판결례 참조), 그 중 거주자가 조합원 가입계약을 체결하는 것은 「주택법」 제11조의3 제8항에 따른 주택조합의 사업개요, 조합원의 자격기준 등이 포함된 계약서에 따라 지역주택조합의 조합원으로 가입하는 것으로서 장래에 주택을 취득할 것을 기대할 수는 있으나, 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정하는 매매계약(「민법」 제563조 참조)을 체결하고 계약금을 지급하는 것과는 구분되는 별개의 행위이므로, 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 조합원 가입계약을 체결하였다는 사실만으로 「소득세법」시행령 제154조 제1항 제5호에 따라 거주기간의 제한을 받지 않는다고 해석하는 것은 특례적 성격에 대한 예외규정을 확대해석하여 양도소득세 비과세요건의 범위를 확대하는 것으로서 타당하지 않습니다. 
 
또한 「소득세법」시행령 제154조 제1항 본문은 실수요 목적의 주택 구입을 유도하고 부동산투기를 억제하기 위하여 주택 분양 등이 과열되어 있거나 과열될 우려가 있는 조정대상지역에 소재하는 주택의 경우 2년 이상 보유하고 그 보유기간 중 2년 이상 거주할 것을 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건으로 정하고 있고, 예외적으로 같은 항 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않도록 규정하고 있는바(2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 일부개정된 「소득세법」시행령 개정이유 및 부산지방법원 2012. 2. 9. 선고 2011구합3846 판결례 참조), 합리적 이유 없이 같은 항 제5호에 해당하는 경우를 확장하여 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 조합원 가입계약을 체결한 경우에도 거주기간의 제한을 배제하는 것은 실수요 목적의 주택 구입을 유도하고 부동산투기를 억제하기 위한 「소득세법」시행령 제154조 제1항의 취지에 부합한다고 보기 어렵습니다. 
 
따라서 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 ‘조합원 가입계약을 체결한 사실’이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 조합원 가입계약 체결일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우, 「소득세법」시행령 제154조 제1항 제5호가 적용되지 아니하여 거주기간의 제한을 받습니다. 
 
다. 질의 2에 대해 
 
한편, 「주택법」에 따른 지역주택조합제도는 소형주택 소유자 및 무주택 서민의 내집 마련의 기회를 확대하고 공동주택공급 촉진을 위해 일정한 자격을 가진 사람들이 청약저축과 관계없이 일정한 지역을 단위로 설립해서 주택을 공급할 수 있도록 하는 제도로서, 일반적으로 지역주택조합사업은 조합설립 준비단계에서부터 사업부지의 확보, 조합의 설립과 사업계획승인, 아파트 등 주택의 건축에 이르기까지 일련의 절차를 진행하여 시행되고, 지역주택조합이 「주택법」 제15조 제1항에 따라 사업계획승인을 받는 것은 일정 호수 이상의 주택건설사업을 시행하거나 일정 면적 이상의 대지조성사업을 시행하기 위한 것으로 사업계획승인을 통해 장래에 주택이 건축된다면 이를 취득할 것을 기대할 수는 있으나, 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정하는 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하는 것과는 구분되는 별개의 행위로서, 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 거주자가 가입한 지역주택조합이 사업계획승인을 받았다는 사실만으로 「소득세법」시행령 제154조 제1항 제5호에 따라 거주기간의 제한을 받지 않는다고 해석하는 것은 특례적 성격에 대한 예외규정을 확대해석하여 양도소득세 비과세요건의 범위를 확대하는 것으로서 타당하지 않습니다. 
 
또한 「소득세법」시행령 제154조 제1항 본문은 실수요 목적의 주택 구입을 유도하고 부동산투기를 억제하기 위하여 주택 분양 등이 과열되어 있거나 과열될 우려가 있는 조정대상지역에 소재하는 주택의 경우 2년 이상 보유하고 그 보유기간 중 2년 이상 거주할 것을 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건으로 정하고 있고, 예외적으로 같은 항 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않도록 규정하고 있는 바, 합리적 이유 없이 같은 항 제5호에 해당하는 경우를 확장하여 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 거주자가 가입한 지역주택조합이 사업계획승인을 받은 경우에도 거주기간의 제한을 배제하는 것은 실수요 목적의 주택 구입을 유도하고 부동산투기를 억제하기 위한 「소득세법」시행령 제154조 제1항의 취지에 부합한다고 보기 어렵습니다. 
 
따라서 거주자가 가입한 지역주택조합이 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 ‘사업계획승인을 받은 사실’이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 사업계획승인일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우, 「소득세법」시행령 제154조 제1항 제5호가 적용되지 아니하여 거주기간의 제한을 받습니다.  
 </div>

<div>
<div style="line-height: 110%;">1)  주택에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 의미하며, 이하 같습니다.</div>

<div style="line-height: 110%;">2)「건설산업기본법」 제9조 제1항에 따른 건설업의 등록을 한 것을 전제로 합니다.</div>
</div>

<div style="line-height: 110%;">3)「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역을 말하며, 이하 같습니다.</div>

<div style="line-height: 110%;">7)  2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 일부 개정된 「소득세법」시행령 부칙 제2조 제2항에 따라 종전의 규정에 따르는 주택에 해당하지 않음을 전제합니다.</div>

<div style="line-height: 110%;">8)「주택법」 제15조 제1항에 따른 사업계획승인이 있기 전, 같은 법 제11조의3 제8항에 따른 계약서에 따라 지역주택조합의 조합원으로 가입하는 것을 내용으로 하는 계약을 의미하고, 이하 같습니다.</div>

<div style="line-height: 110%;">9)  허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하며 (「소득세법」 제88조 제7호 참조), 이하 같습니다.</div>

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